A harmadik film esetében egy váratlan meghibásodás miatt kellett egy kulcsjelenetet módosítani, valamint a költségek féken tartása végett töröltek végül jeleneteket a forgatókönyvből, amely három írót is felemésztett, nem csoda, hogy kissé hullámzó lett a film is. Az előző résszel, Az elveszett világgal ellentétben azonban a film kimaradt jeleneteit nem hozták nyilvánosságra a film dvd kiadásain. 

Egyiptomi felfedezés

A film nyitójelenete hasonló lett volna, mint a Jurassic Park vagy később ezen rész adott jelenete: egy egyiptomi ásatáson egy Spinosaurus fogára bukkannak.

Alan és Ellie


A forgatókönyv szerint hosszabb lett volna a búcsúzkodás dr. Alan Grant (Sam Neill) és dr. Ellie Sattler (Laura Dern) között, továbbá amikor Alan azt ecseteli Ellie-nek, okosabbak a Velociraptorok annál, mint sejtettek, Ellie papagája, Jack elereszt egy "Bullshit" (baromság) kifejezést.

Bővített utazás jelenet


Az előzetesben is szerepelt az a replülőgép jelenet, amelyben a gép naplementében távolodik el, valószínűleg Montana-ból Kaliforniába, majd onnan a Sorna-szigetre.

Bővített jelenet a Spinosaurus és a Tyrannosaurus között

Eredetileg hosszabb jelenetsorban láthattuk volna a két szauruszt egymásnak feszülni. A jelenet egy részében mindkét állatot a Stan Winston Studios által elkészített, életnagyságú robot alakította volna. Többnyire csak egymásra ordítozást láthattunk volna a modellekkel felvéve, illetve azt, ahogy a Spinosaurus a karjával megüti a T. rex fejét. Ez a jelenet szerepelt is az előzetesben. Azonban a forgatás során a Tyrannosaurus hidraulikus szerkezete (amely egyike volt annak, amelyet Az elveszett világhoz készítettek) olyan súlyosan megsérült, hogy a további tervezett forgatást nem tudták felvenni, ezért végül az egész jelenetsorban CGI által generált állatok küzdelmét láthatjuk.

Bővített jelenet az embrió keltető épületben


Hosszabb ideig tartott a forgatás és több anyagot vettek fel ebben a díszletben, mint az a filmben látható. Ezekből kiderült volna, hogy az épület nem egy egyszerű keltető központ, hanem kutató állomás.

Udesky vs. Raptorok


Eredetileg Mr. Udesky (Michael Jeter) megpróbált volna megküzdeni egy Velociraptorral, egy vastagabb fadarabbal, de természetesen a raptor túlerőben volt és ezek után leterítette le Udesky-t, ahogy a végkifejletet láthattuk is a filmben. 

Több Ankylosaurus


A jelenet speciális effektjeinek egy alap része elkészült, amelyben egy csapatnyi Ankylosaurus kelt volna át a folyón, amelyen a főhősök hajóznak, de végül törölték a jelenetet és így az effekteket sem fejezték be.

Velociraptorok vs. Pteranodonok

Sam Neill árulta el egy interjúban, hogy eredetileg a raptorok és a Pteranodonok megküzdöttek volna egymással, valószínűleg azon, melyik állatcsoport végezzen az emberekkel. Végül azonban a forgatókönyvből törölték ezt a változatot.

Újraegyesülés

Ez a jelenet a raptorok és Pteranodonok küzdelme után készült volna el, amelyből kiderül, Eric Kirby (Trevor Morgan) szülei, Paul (William H. Macy) és Amanda (Téa Leoni) újraházasodnak, és fellobbant szerelmüket egy csókkal pecsételik meg, míg Grant, telefonon köszönte volna meg Ellie-nek a felszabadító sereget.

Ben halála

A forgatókönyv korai változatában láthattuk volna, valószínűleg a megtalált kamerán keresztül, hogy egy csapatnyi raptor megtámadja és megöli Bent, majd visszatérnek az állatok a dzsungelbe.

Alternatív befejezések

Két, alternatív befejezés is ismert a forgatókönyv korai verzióiból. Az egyikben a túlélőkért érkező helikoptereket Pteranodon támadják meg, de végül sikerül a túlélőknek elhagyni a szigetet. Ezt az ötletet már Az elveszett világban is meg akarták valósítani, de végül törölték költséghatékonyságból, a harmadik film esetén pedig valószínűleg azért is, mert elvileg a Pteranodonok ekkor már be vannak zárva. Az ötletet végül harmadjára sikerült megvalósítani, a Jurassic World-ben. A másik verzióban mielőtt megtámadta volna a túlélők csónakját, a Spinosaurus egy falkányi Velociraptorral küzd meg, majd miután az ismert Spinosaurus jelenet is lezajlott a folyón az emberekkel, őket sikeresen kimenekítik a szigetről, amikor is a parton megjelenik a Spinosaurus és nekiront a hadseregnek. Ezt a változatot a túlzott erőszakossága miatt vetették el.

A harmadik rész viszonylagos harmatos sikere, mint a kritikusok, mind a rajongók között, egy jó időre megpecsételte a leendő folytatás sorsát, de végül 14 évvel később visszatért a franchise a vásznakra. Ezt, vagyis a Jurassic World-öt és kimaradt jeleneteit a következő részben fejtem ki.